C57BL/6J野生型小鼠，AICDATM1.1（CRE/ERT2）CREY（AICDACREERT2）小鼠45 ，IGHG1TM1（CRE）CGN（IGHGG1CRE）MITE46，GT（ROSA（ROSA）26SOR TM1（EYFP）COS（EYFP）COS（EYFP）COS（EYFP）先前已经描述了GT（ROSA）26个SOR TM1（CAG-BRAINBOW2.1）CLE（ROSA26LSL-CONFETTI）MICE48和EMV2缺陷小鼠20
，并且已在弗朗西斯·克里克（Francis Crick）研究所在C57BL/6J遗传背景上维持在弗朗西斯·克里克（Francis Crick）研究所。将小鼠放在恒定温度（21-25°C）和湿度（50–60％）的通风笼中，具有标准的12小时光/12-H黑暗循环 ，在没有特定的无病因条件下 。将八到12周龄的雄性或雌性小鼠用于所有实验
，随机分配给年龄和性别匹配的治疗组，生存分析盲目。基于我们实验室肿瘤生长的试点研究估算动物数量
。所有实验均由弗朗西斯·克里克学院（Francis Crick Institute）的伦理委员会批准 ，并根据1986年《动物科学程序法》（ASPA）根据当地指南和英国内政部法规进行了批准。 　　KPAR细胞是源自trp53fl/flkraslslsl-g12d/+背景的kpar1.3线
，如最近所述3 。KPARG12C细胞是KRAS（G12C）表达KPAR1.3 Line3的衍生物
。 　　如先前所述29，HEK293T.ERV3-1ENV和HEK293T.HERV-K（HML-2）ENV细胞的生成。简而言之 ，HEK293T.HERV-K（HML-2）ENV细胞是通过用载体倒流的HEK293T细胞来生成的
，该细胞用载体编码了Herv-K113 Indereplote glycoprotein49的Putative Ancestral蛋白序列的密码子优化版本，由N. bannert和gfppp ribper（Interner）组成 。通过编码ERV3-1包膜糖蛋白（NCBI参考序列：NM_001007253.4）和GFP的逆转录转导 ，HEK293T.ERV3-1ENV细胞类似地通过逆转录病毒转导而产生
。KPAR, KPARG12C, KPB6, M. dunni, HEK293T, HEK293T.ERV3-1env, HEK293T.HERV-K(HML-2)env, EL4, CTLL2, B16, 4T1, 3LL, MC38, A549, NK92 and HBEC cells were obtained from and verified as mycoplasma free by, and human cell lines还通过弗朗西斯·克里克学院细胞服务机构DNA指纹识别来验证。将细胞培养在DMEM（Thermo Fisher）
，RPMI（Thermo Fisher）或IMDM（Sigma -Aldrich）中，并补充了FBS（10％; Thermo Fisher） ，-Glutamine（2 mM; Thermo Fisher），青霉素（Thermo Fisher）
，青霉素（100 U ML – 1; Thermo Fisher）和链霉菌（Thermo Fisher）（Thermo Fisher）（100 U Therpeptycin）（100 -1-100°1-11） 。M. dunni.KARV细胞是通过培养Dunni细胞（允许所有描述的内源性EMLV）在来自KPAR细胞的条件培养基中允许的，并通过用83A25单克隆抗体进行染色的
。 　　对于原位肺肿瘤模型 ，将1.5×105 kPar
，1.5×105 kparg12c或1×105 kpb6细胞静脉注射到尾静脉中。每周称重3次，当达到15％体重减轻的人道终点时被杀 。对于免疫实验 ，将小鼠用2×108 SRBC（Fitzgerald Industries）腹膜内进行免疫
。 　　对于抗体处理
，200μg抗PD-L1（10f.9g2，bioxcell） ，抗PD-1（RMP1-14
，RMP1-14，Bioxcell） ，抗CTLA-4（9H10
，Bioxcell），抗CXCL13（抗CXCL1）（53-6.7 ，bioxcell），抗emlv env（83A25
，内部），抗Karv Env（内部的J1KK ，内部）或它们各自的同种型控件每周两次注射腹膜内两次。对于B细胞耗竭实验
，用单次静脉注射250μg抗CD20（SA271G2，Biolegend）治疗小鼠 。对于血清转移实验 ，通过末端出血从含有KPAR肿瘤的小鼠中收集血清
，在56°C下热失活10分钟，并在-20°C下储存。从每周的第7天
。从第7天开始 ，每周两次用抗NK1.1
，抗CD8或同种型对照抗体处理1J和2M。 　　对于KRAS或MEK途径抑制剂实验，一旦通过微型计算机断层扫描（CT）检测到肿瘤后 ，就开始治疗 。通过吸入异氟烷来麻醉小鼠
，并使用量子GX2 Micro-CT成像系统（PerkinElmer）扫描小鼠，在各向同性像素大小为50μm处
。然后 ，通过口服烤肉施用50 mg kg-1 mRTX-849（Medchem Express），3 mg kg-1 trametinib（LC实验室）或车辆。小鼠每天在图例中指示的持续时间接受抑制剂 。图3A -D中的小鼠在发现肿瘤后每天用抑制剂或媒介物对照治疗6天
。在图3E中
，在每日G12CI治疗2周开始之前，用抗CD20 ，抗CD8或同种型对照抗体处理了已经开发了KPAR肺肿瘤的小鼠。对于用抗CD8治疗的小鼠
，在每周两次注射G12CI后继续治疗 。 　　将小鼠CXCL13 cDNA ORF（NM_018866.2）合成并克隆到PCDNA3.1哺乳动物表达载体（Genscript）中
。为了制备GL67脂质液，将1.6 mg ML – 1 PCDNA3.1-CXCL13或PCDNA3.1作为空载体控制 ，将其与1.21 mM GL67脂质体（Genzyme）一起孵育
，以获得最终的1：4摩尔比。通过吸入异氟烷进行麻醉，并在每周两次鼻内两次施用20μlGL67-质量酶子复合物 。 　　将肺灌注20 mL冷PB ，切成小块
，并与1 mg ML – 1胶原酶（Thermo Fisher）和50 U ML – 1 DNase I（Life Technologies）在PBS中在37°C中孵育30分钟
。通过70μm尼龙过滤器过滤样品，并在FACS缓冲液中重悬于FACS缓冲液（2％FCS和PBS中的0.05％钠）之前 ，使用0.83％氯化铵裂解红细胞。将样品在室温下染色30分钟
，并用荧光标记为CD45（Biolegend，30-F11） ，B220（Biolegend，RA3-6B2）
，GL7（Biolegend，GL7） ，CD95（Biolegend
，Biolegend，SA362F7） ，SA362F7）
，CXCR4（CXCR4（Biolegend）（Biolegend，biolegend ，biolegend
，l276f76fy，cd96f76f76f76f76f76fy ，biolegend
，gl7），TCRβ (BioL​​egend, H57-597), CD4 (BioL​​egend, GK1.5), PD-1 (BioL​​egend, 29F.1A12) or CXCR5 (BioL​​egend, L138D7) or unlabelled anti-eMLV Env (83A25, in house), anti-mouse IgG (BioL​​egend, Poly4060), anti-mouse IgA（Southern Biotech ，11-44-2），抗小鼠IGM（Biolegend
，RMM-1），抗人类IgG（Biolegend ，M1310G05）
，抗人类IGA（Miltenyi Biotec，130-114-002）或抗人类IGM（Anti-Human Igm）（Anti-Human Igm）（200）近红外活/死污点（Thermo Fisher） 。样品在运行BD FACSDIVA V.8.0的LSR Fortessa上运行 ，或运行Bread Everest v.2.4的ZE5分析仪
，并使用Flowjo v.10进行了分析。用于识别不同细胞类型的门控策略在扩展数据中显示了图12a
。 　　将肿瘤肺固定在10％中性缓冲福尔马林（Sigma-Aldrich）中24小时，并在OCT中转移至70％乙醇或冷冻。首先服用足够的DNA和RNA测序材料后 ，将tracerx冻干的区域样品处理为福尔马林固定的
，石蜡填充（FFPE）块 。然后通过从区域FFPE块中取1.5毫米的核心来创建组织微阵列
。将固定组织嵌入石蜡中，并将4μm切片安装在玻片上。使用自动组织软骨玻璃染色器进行血久毒素和曙红染色 。为了进行免疫组织化学染色 ，将石蜡包裹的切片在柠檬酸钠缓冲液（pH 6.0）中煮沸15分钟
，然后与抗B220孵育1小时（1：250; RA3-6B2，BD Biosciences） ，抗CD8（1：250; 4SM15，thermo fillisheribibibi-kii-kii
，antibib）Agilent），抗NCR1（1：250; AB233558 ，ABCAM）
，PNA（1：250; B1075，Vector Laboratories）或Anti-Vervk-7（1：250; PA5-49515 ，Thermo Fisher）
。使用辣根过氧化物酶（HRP）偶联的抗RAT IgG（1：1,000;多腹部； Thermo Fisher
，31470），抗小鼠IgG（1：1,000; polyclonal; thermo fisher ，31430）或抗rabbit IgG（1：1：1：1：1：1：1：1：1,000;使用Zeiss Axioscan幻灯片扫描仪对载玻片进行成像
，并使用QUPATH 0.3源软件进行分析。 　　对于免疫荧光，将石蜡包裹的载玻片在柠檬酸钠缓冲液（pH 6.0）中煮沸15分钟 ，然后在阻止缓冲液中孵育30分钟（1％BSA（1％BSA和PBS中的5％FCS）
，并在4°C下用主抗体在4°C孵育过夜 。将冷冻载玻片在室温下气干，在4％多聚甲醛（PFA）中固定10分钟 ，并在SuperBlock溶液（Thermo Fisher）中孵育30分钟，然后与一抗抗体孵育1小时
。使用的主要抗体是CD3（1：100； ABCAM
，AB5690）和B220（1：100； Biolegend，RA3-6B2）。将载玻片在PBS中洗涤3次 ，在室温下在黑暗中与山羊抗兔546（1：200; Thermo Fisher
，A-111035）和山羊抗鼠488（1：200; Thermo Fisher，A-111006）一起孵育1小时 ，并与DAPI安装 。通过在Zeiss直立710或Zeiss Axioscan显微镜上进行共聚焦显微镜成像载玻片
。 　　如前所述进行组织清除。51 。简而言之
，用20毫升冷PB灌注含有肿瘤的肺，固定在10％中性缓冲福尔马林（Sigma-Aldrich）中24小时 ，并用1：1：1：1：4 H2O2：DMSO：DMSO：PBS：过夜。Following overnight antigen retrieval in 40 mg ml–1 SDS with 12.36 mg ml–1 borate at 54 °C, samples were washed three times in PBS with 0.2% Triton X-100, blocked and incubated for 48 h at room temperature with antibodies to CD3 (1:100; Abcam, ab5690), B220 (1:100; BioLegend, RA3-6B2) andTTF1（1：100; ABCAM
，AB72876）
。将样品在PBS中洗涤3次，并在黑暗中与荧光标记的抗兔Alexa Fluor 546（1：100; Thermo Fisher ，A10040）
，抗兔Alexa fluor 546 IgG（1：200; Thermo Fisher，Thermo Fisher ，A-111035），Ati-Rabbit 594（1：1：1：1：1）R37119), anti-rat Alexa Fluor 488 (1:100; A-21208), anti-rat Alexa Fluor 488 IgG (1:200; polyclonal; Thermo Fisher, A-11006), anti-rat Alexa Fluor 647 (1:100; Thermo Fisher, A48272), anti-mouse Alexa Fluor 488 (1:100; ThermoFisher
，A-21202）或抗山羊Alexa Fluor 647（1：100; Thermo Fisher，A-21447）抗体。在PBS中将样品洗涤3次 ，通过甲醇梯度升高
，并通过甲基水杨酸甲酯梯度清除 。通过在Lavision Ultamicroscope II（Miltenyi）上的灯页显微镜成像清除的样品，或在Zeiss 780上的共聚焦显微镜上成像 ，并使用Imaris Software 9.8（BitPlane）渲染
。 　　此处将成熟的TLS定义为具有隔离T细胞和B细胞区域的淋巴聚集体
，以及持续的GC反应的证据。后者基于GC中的深色和光区的区别，该区域在tracerx中诊断性山莫大久毒素和曙红染色（扩展数据图6D）上鉴定 ，或者通过Ki67染色显示以及通过小鼠样品中PNA结合的PNA阳性 。当可为Tracerx患者使用多个诊断幻灯片时
，总结了TLS计数
。在低功率放大倍数但不包含GC形成的任何建议时可见的淋巴细胞簇被认为是淋巴骨料。 　　对于抗体结合，KPAR ，KPB6
，M 。Dunni，M
。Dunni.Karv ，HEK293T.EV3-1ENV，HEK293T.HERV-K（HML-2）ENV（HML-2）ENV或HEK293T细胞与热灭活的Sera或Plasma稀释1:50在室内浸泡30分钟的摄入率
，并在室内浸泡30分钟，并在室内稀释 ，并在室内浸泡
，并在30分钟内散发，并将其灌输。在室温下将抗小鼠或人IgG ，IgA和IgM的抗体标记30分钟
，并在ZE5分析仪上通过流式细胞仪进行分析 。抗体滴度表示为每抗体同种型的MFI
。为了阻止实验，将10 µg ML – ML – 1重组ERVK-7包膜蛋白（Cusabio ，CSB-CF351062HU）或流感A H1N1 HA（Sinobiological
，11085-V08H）在室温之前用稀释的Sera或Plasma孵育30分钟。为了检测ERV3-1和HERV-K（HML-2）包膜反应性抗体，HEK293T ，HEK293T.ERV3-1ENV和HEK293T.HERV-K（HML-2）ENV细胞以相等的比例混合并根据GFP表达的水平进行了混合（分量图 。与父母HEK293T细胞相比
，使用以下公式计算了特定的MFI增加：（GFP+细胞的MFI - GFP-细胞的MFI - GFP-细胞的MFI）/MFI，如前所述29。使用Microsoft Excel 2016产生热图
。对于A549结合 ，使用以下公式计算了特定的MFI增加：（染色细胞的MFI - 无官方对照细胞的MFI）/NO-Serium Control Control细胞的MFI。 　　对于血清亲和力实验，将固定的KPAR细胞与血清在冰上稀释1:50孵育1 h
，并用FACS缓冲液洗涤3次 。将复制井在37°C下孵育1 、2、5或10分钟，并在冰上染色30分钟
。用孵育的IgG染色表示为最大MFI的百分比 ，被认为与抗体离速率成正比。 　　对于补体杀伤测定
，将KPAR细胞与1:10在56°C下失活的血清1:10稀释10分钟或抗KARV信封（j1kk;内部） 。将细胞在37°C下孵育3小时，并根据制造商的说明 ，通过乳酸脱氢酶（LDH）释放（ABCAM）测量细胞毒性
。在微孔板读取器（TECAN）上在450 nm处测量光学密度
，并标准化为无外部阴性对照和裂解缓冲液阳性对照。 　　对于ADCC分析，以1:50的血浆稀释量在37°C时以1：1的比率培养A549和NK92细胞 ，并根据制造商的指示通过LDH释放（ABCAM）测量细胞毒性 。将值标准化为单独的A549细胞的阴性对照
，并对用裂解缓冲液处理的A549细胞进行阳性对照
。 　　使用rneasy套件（Qiagen）的Qiashredder柱（Qiagen）均质化，从肺中提取RNA。使用Maxima First-Strand cDNA合成试剂盒（Thermo Fisher）合成cDNA ，并使用Applied Biosystems快速SYBR Green（Thermo Fisher）进行QPCR
，并使用以下引物进行： 　　CXCL13：F，5'-catagatCggattCaagt;R ，TCTTGGTCCAGATCACAA-3' 　　hprt，f
，5'-tgacactggcaaaacaatgca;R，GGTCCTTTCACCAGCAAGCT-3' 　　使用ΔCT方法将值标准化为HPRT表达 。 　　将Maxisorp板（Thermo Fisher）与重组可溶性PD-L1外生域（内部）在硼酸盐缓冲盐水中的重组PD-L1外域（内部）涂覆过夜 ，并在阻止缓冲液（PBS中为5％BSA）中阻塞1小时
。将血清在阻塞缓冲液中稀释1:50
，并在室温下与板孵育1小时，然后用PBS-T洗涤四次 ，并与HRP偶联的抗小鼠IgG（1：1,000; ABCAM
，ABCAM，AB6728）孵育1 h。通过在室温下摇动5分钟后 ，通过添加50μLTMB底物（Thermo Fisher）加入50μLTMB底物（Thermo Fisher）来开发板 。在微孔板读取器（TECAN）上以450 nm的形式测量光学密度。 　　从三只小鼠中汇集的分类的实时CD45+ B220+细胞群体被加载到10倍基因组铬控制器上
，并根据制造商的指南制备VDJ库
。使用Illumina HISEQ 2500高输出平台对样品进行测序。使用10倍基因组CellRanger工作流进行了成绩单对齐和特征-Barcode矩阵的生成 。 　　将J1KK单克隆抗体从显性BCR序列克隆为小鼠IgA或IgG1，以prv-igk-t2a-igh-ir-ires-GFP质粒（Genscript）（genscript） ，并转导到HEK293T细胞中
。根据制造商的说明
，分别使用蛋白质L自旋柱（Thermo Fisher）和蛋白质A Plus Spin柱（Thermo Fisher）从无血清上清液（Thermo Fisher）纯化IgA和IgG1抗体。 　　对于免疫沉淀，根据制造商的说明 ，将J1KK抗体或小鼠IgA同种型对照（ABCAM）耦合到Dynabeads（Thermo Fisher） 。随后将抗体偶联的dynabeads与从KPAR细胞收集的4 mg蛋白裂解液一起孵育，并在4°C下旋转过夜
。使用补充蛋白酶和磷酸酶抑制剂鸡尾酒（Roche）的RIPA缓冲液洗涤珠3次。通过在Nupage LDS样品缓冲液（Thermo Fisher）中重悬于样品
，并在95°C下孵育5分钟 。洗脱的蛋白质以4–12％BIS-Tris凝胶（Thermo Fisher）的Nupage运行，并使用Instantblue Coomassie蛋白染色（ABCAM）进行可视化
。从每个车道切除70 kDa处的凝胶带 ，并通过质谱法分析。 　　对于质谱法
，将切除的蛋白质凝胶片放入1.5 mL的Eppendorf管中，并用50％（v/v）乙腈和50 mM碳酸氢苯甲酸铵降低 ，并用10 mM Dithiothreitol（dtt）还原
，并用55 mmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmmm 。烷基化后，将蛋白质用6.5ngμl -1胰蛋白酶（promega）在37°C下过夜消化
。使用Ultimate U3000 HPLC（Thermo Scientific Dionex）在2％（V/V）甲酸 ，2％（v/v）乙腈中提取所得肽
，并通过纳米级毛细管LC-MS/MS进行分析，以提供约250 NL min-1 – 1的流速。A C18好评PEPMAP1005μM ，100μM×20 mm纳米植物柱（Thermo Scientific Dionex）将肽捕获
，然后在易于涂抹的PEPMAP RSLC2μM，100Å ，100Å，75μm×500 mm nanoviper柱（Themocientific Dionex）上分离 。用120分钟的乙腈（2％至80％）洗脱肽。分析柱出口通过纳米流电喷雾电离源直接连接
，并带有混合四极杆轨道质谱仪（Eclipse Orbitrap，Thermoscientific）
。数据收集以数据依赖性采集（DDA）模式进行 ，r = 120,000（m/z 200）全MS扫描从m/z 400-2,000
，目标AGC值4×105离子为20 ms/ms扫描，然后在r = 17,500（m/z 200）的目标AGC值为1×104 ions的目标AGC值时为r = 17,500（m/z 200）。使用30的阈值能量收集MS/MS扫描 ，用于高能碰撞解离（HCD）
，并使用30 s的动态排除来增加覆盖范围 。使用脚手架软件82（蛋白质组软件）验证了MS/MS数据，并使用1％的错误发现率（FDR）阈值手动询问蛋白质识别
。 　　这项研究的数据是从Tracerx队列（NCT01888601）获得伦敦国家研究伦理服务委员会批准的前421名患者的一部分（NCT0188601 NCT0188601 ，并在伦敦大学学院批准了该研究的批准
，并提供以下详细信息：REC参考13/LO/1546，协议编号UCL/12/1279 ，IRAS Project ID 13888888888888888888888.）。数据获取遵循的步骤与前100名患者研究中描述的步骤相似
，并在随附的研究中全面描述了54,55,56 。有必要获得进入Tracerx研究的知情同意，是从每个患者那里获得的
。 　　在本研究中分析的转录组数据（每样品的5000万个成对读数为75 bp或100 bp）是从Tracerx队列中得出的 ，该研究在随附的研究中全面描述了54,55,56。数据获取遵循与先前描述的57相似的步骤 。由病理学和测序分析确定的多个原发性肿瘤的患者被排除在外，以避免可能混淆与多种组织学和/或独立肿瘤谱系相关的变量
。仅包括源自原发性和邻近的正常肺组织样品
，包括从初始手术切除术中采集的数据，以及图5B中描述的一个淋巴结转移。在补充表2中总结了研究中分析的tracerx RNA-seq队列 。 　　如前所述58 ，对HERV PROFIRES和其他重复区域进行了注释
。简而言之
，代表已知人类重复族的隐藏马尔可夫模型（HMM）（DFAM 2.0库V.150923）用于使用repothmasker注释GRCH38，并使用NHMMER配置。ReponMasker分别注释长末端重复序列（LTRS）和内部区域；因此 ，将表格输出解析为合并相同元素的相邻注释 。编译了具有功能性ENV的HERV Provirus的列表（补充表1）
，并使用自定义转录组在TCGA的RNA-SEQ数据子集上组装的自定义转录组来映射TCGA，GTEX和TRACERX的RNA-Seq读取 ，如前所述58
，如前所述58。简而言之，使用GNU Parallel和Salmon（V.0.12.0）59计算了转录物组件中所有转录本的TPM值
。然后将TPM值导入到Qlucore Omics Explorer v.3.3（Qlucore）中 ，以进行下游差分表达分析和可视化。对于从给定的HERV Profirus转录的多个转录本
，通过将任何多个转录本中的任何一个与该病毒的ENV重叠的表达相结合来崩溃 。适用于多个原发性肿瘤区域的患者级平均值
。 　　Danaher等人的方法用于从肺癌患者的RNA-Seq数据中估算免疫细胞群体。适用于多个原发性肿瘤区域的患者级平均值 。对于小鼠LUAD模型，使用MCPCounter方法61来量化RNA-Seq数据中的免疫和基质细胞种群丰度
。TLS基因集得分如前所述62。简而言之 ，将TPM值归一化，并将log转换为log2（值+1） 。该分数被计算为九个TLS签名基因的平均表达（CD79B
，EIF1AY，PTGDS ，RBP5
，CCR6，SKAP1 ，LAT
，CETP，CETP和CD1D）
。 　　使用Trust4 v.1.0.8开放式算法算法63（https://github.com/liulab.com/liulab-dfci/trust44）从RNA-Seq BAM文件组装BCR CDR3序列和类开关。总结了编码相同氨基酸（CDR3AA）序列的多个BCR CDR3序列 。排除框外和部分CDR3序列仅保留生产序列
。多样性定义为每个样品独特的生产性CDR3AA序列的总数。患者水平的多样性代表了所有原发性肿瘤区域的独特生产性CDR3AA序列的总数 。每样本计算类开关频率是归类为IGHM ，IGHG
，IGHA，IGHE或其他唯一生产性CDR3AA序列的比例。适用于多个原发性肿瘤区域的患者级平均值
。 　　在这项研究中分析的全外活体测序数据（中值深度为413倍）是从tracerx队列中得出的 ，在随附的研究中
，该研究完整地描述了54,55,56。仅包括驱动器单核苷酸变体（SNV）和TP53中的Indels，EGFR和KRAS用于分析 。为了进行拷贝数分析 ，将段> 5 bp的长度> 5 bp（与ERVK-7基因座坐标重叠（GRCH37 CHR1：155596185–1555606777））进行分析
。为每个样品计算了基因座的倍数调整后的拷贝数，并将患者级的最大值用于与转录组数据的关联。TMB是在区域级别计算的
，通过计算RefSeq（2014年下载）定义的非同义编码突变，除以所有编码序列的总长度 ，并乘以106 。 　　纵向收集患者血浆与研究方案一致
。在K2 EDTA管中收集新鲜的血液样本。使用冷藏离心机在1,000克时通过双离心在血液收集2小时内制备血浆
，然后在2,000克时10分钟以去除细胞和血小板 。在-80°C下将血浆存储在1-ml等分试样中
。手术前的前一天或初次手术的那天（n = 58 luad，n = 24 lusc）收集血浆。48例LUAD患者和20例LUSC患者可获得相应的RNA-SEQ数据；53例LUAD患者可获得相应的体拷贝数改变数据 ，并且未对LUSC患者进行评估 。七名患者接受了ICB（Nivolumab或Atezolizumab）
，并接受了治疗血浆
。患者CRUK0284在组织学上的LUAD和类癌生长都有不同的病变。 　　对于TCGA LUAD样品，先前计算了全局甲基化值的指标64 。Sox2表达 ，每千千次映射的片段
，每百万映射的读取读数上四分位数（FPKM-UQ），而ERVK-7基因组位置的平均拷贝数（HG38 CHR1：155629344-15555634870）从UCSC Xena Browser65（https seen browser65（https）下载。 　　对于Tracerx患者 ，对LUAD和LUSC患者进行了无病生存分析
。无病生存期（DFS）定义为从注册之日到放射学确认tracerx的原发性肿瘤复发或任何原因死亡时间的复发时期。在随访期间
，三名患者（CRUK0512，CRUK0373和CRUK0511）出现了新的原发性癌症 ，并从第一次原发性肺癌或随访期间诊断出的新原发性癌症发生了新的原发性癌症 。由于第三肿瘤起源的不确定性，在诊断出新的原发性癌症的新原发性癌症时
，对这些病例进行了审查
。根据组织学特异性队列中位数，患者级数据分为高和低组 ，并使用生存R软件包（v.3.2.13）比较了Kaplan-Meier估计值DFS的可能性。对于TCGA患者
，通过CXCL13，CD79A ，CD19或MS4A1表达对样品进行排名
，并通过对数秩分析比较顶部和底部表达四分位数的存活曲线 。为了在SMC LUAD cohort34中进行结果分析，根据ERVK-7表达（任何多个转录本的总tpms的汇总tpms）使用20 tpm的截止值 ，以定义高和低ERVK-7表达
。 　　使用GraphPad Prism 7（GraphPad软件）
，Sigmaplot 14.0或R（版本3.6.1-4.0.0）进行统计比较。使用dplyr（v.1.0.7），data.table（v.1.14.2） ，tidyverse（v.1.3.1）和rjson（v.0.2.20）进行数据处理 。使用线性混合效应模型的软件包LME4（V.1.1.27.1）
。包装存活率（v.3.2.13）用于与患者结果指标的统计关联。满足方差标准的正态分布值的参数比较是通过未配对或配对的学生的t检验或带有Bonferroni校正的单向ANOVA进行多次比较进行的 。将未通过方差测试的数据与非参数两尾Mann-Whitney级别测试（用于未配对的比较）
，Wilcoxon签名级测试（用于配对的比较）或ANOVA在与Tukey或Dunn校正的等级测试上进行多个比较
。使用线性混合效应模型与每个患者进行比较，将多隔离数据作为随机效应进行比较。 　　有关研究设计的更多信息可在与本文有关的自然投资组合报告摘要中获得 。
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